Água D´Alto  situa-se na Costa sul da ilha de São Miguel e possui uma área de 18.44 quilometros quadrados. Segundo Gaspar Frutuoso, pouco se sabe da origem desta freguesia. Apenas se sabe que, por volta desta altura, ali havia uma Ermida, junto à qual se situa um hospital de leprosos, ao qual se deu o nome de Lazareto, origem do nome de São Lázaro ou Gafaria. De acordo com Gaspar Frutuoso, nesta altura havia trinta casas, almas devotas e um padre, Baltazar Faguntes.
Em 1602, o Bispo D. Gerónimo visitou a freguesia e achou a freguesia pequena e maltratada, ordenando assim a transferência do padre para a freguesia de São Pedro. O Hospital que aqui funcionava, foi igualmente transferido, para a beira mar, sendo edificado no local hoje denominado Degredo, assim chamado pelo facto de todos os leprosos serem degradados para lá.
Em 1832, tendo-se verificado um aumento da população pediu-se ao Bispo autorização para instituir aqui um satuário, onde se pudesse colocar o Santíssimo sacramento.
Esta povoação fez parte da freguesia de São Pedro, sendo promovida a freguesia no ano de 1908, no governo de João Franco.

Origem do nome da Freguesia

Este tem origem na existência de uma queda de água com cerca de trinta metros, localizada na ribeira do Degredo. O facto de esta queda de água cair de tão alto, deu origem o nome de Água D´Alto à freguesia.